Продвижение наших войск на Запад и освобождение временно захваченных врагом территорий с особенной остротой поставили вопросы санитарной разведки с использованием методов лабораторного анализа. Потребовалось видоизменение методики лабораторного исследования различных объектов применительно к конкретным условиям войны.

К трофейным пищевым продуктам приходилось относиться очень строго, особенно к напиткам. Неоднократные случаи преднамеренного отравления их при отступлении немецко-фашистских войск вынуждали представителей санитарной службы прибегать к лабораторному анализу всех подозрительных объектов. Отбор проб и отсылка их в МСБ или в СЭО, а в особо затруднительных случаях в СЭЛ производились врачами частей и санитарных учреждений при обследовании ими оставленных противником населенных пунктов. Для своевременного выявления отравленных или непригодных для довольствия войск пищевых продуктов и напитков при организации санитарной разведки освобождаемых районов необходимо было увязать деятельность представителей санитарной службы с работой трофейных команд.

Разведка санитарного состояния населенных пунктов, бараков и землянок, оставляемых противником, особенно в зимнее время, требовала согласованных действий санитарных разведчиков и войсковых квартирьеров. Своевременное предупреждение последних о санитарном неблагополучии населенного пункта или отдельных помещений было делом первостепенной важности, так как в зависимости от результатов санитарной разведки решался вопрос о возможности размещения войск в данном населенном пункте и порядке использования тех или иных зданий.

По данным И. Н. Попова, при санитарном обеспечении марша крупного войскового соединения на дистанцию 300 км из дивизий ежедневно высылались разведывательные группы в составе квартирьеров и представителей санитарной службы.

Эти группы осуществляли следующие мероприятия:

1) выбор места для размещения стрелковых полков на ночлег,

2) обследование санитарного состояния населенных пунктов,

3) выбор источников водоснабжения,

4) организация хлорирования воды в колодцах,

5) выбор мест для санитарной обработки личного состава,

6) расстановка указателей (пикетаж)

7) встреча маршевых колонн на подступах к местам ночлега или большого привала.

Особенно важное значение санитарная разведка приобретала при наступлении. В этом случае подвижные лаборатории СЭО армии или разведывательные группы, снабженные лабораторными наборами, должны следовать вместе со вторыми эшелонами дивизий, действующих на наиболее важных направлениях.

При занятии нашими войсками крупных населенных пунктов, узлов сопротивления противника и пр. подвижные лаборатории и разведывательные группы продвигались вместе с войсками и немедленно  приступали на месте к обследованию санитарного состояния населенного пункта: жилого фонда, коммунальных сооружений, всех водоемов, могущих быть использованными для водоснабжения войск, запасов пищевых продуктов, оставленных противником, и пр. При наличии необходимых показаний пробы воды и продовольствия отсылались в базовые отделения СЭО и СЭЛ.

Эффективность санитарной разведки определялась своевременностью доставки командованию сведений, вызывающих необходимость проведения тех или иных мероприятий по охране здоровья войск. Для успешного выполнения санитарной разведки необходимо, чтобы старший санитарный начальник, организующий разведку, сообщал начальникам разведывательных групп сведения о санитарной обстановке на своем участке фронта, а также на соседних участках и у противника.

По опыту Великой Отечественной войны общие задачи санитарной разведки можно сформулировать в следующих пунктах:

1) своевременное изучение в санитарном отношении района размещения и района боевых действий войск,

2) выявление и гигиенический анализ местных условий, могущих оказать влияние на здоровье и боеспособность войск,

3) учет местных средств, пригодных к использованию для гигиенического обеспечения войск.

Частные задачи санитарной разведки определялись характером боевой деятельности войск, временем года, условиями местности и пр. Санитарную разведку всегда высылали при передислокации войсковых частей и соединений для обследования новых районов размещения, перед маршем (с учебной или боевой целью) для обследования маршрута и мест привалов, включая пункты дневок и ночлега. Особенно часто санитарная разведка назначалась для обследования всех открытых водоемов и других источников водоснабжения войск.

Санитарная разведка в полку или в отдельной части производилась по указанию старшего врача части врачами, фельдшерами и санитарными инструкторами.

В дивизии все задания по санитарной разведке, как правило, выполнялись командиром санитарного взвода МСБ. Организация армейской и фронтовой разведки по заданию начальника санитарного отдела армии или начальника Санитарного управления фронта лежала на обязанности начальника СЭО армии или СЭЛ фронта с использованием гигиенических отделений СЭО и СЭЛ (табл. 6).