За межами населених пунктів мікрофлору ґрунту, як правило, становлять нешкідливі сапрофіти. Патогенні мікроби потрапляють у ґрунт переважно з фекаліями, сечею, сміттям, трупами, гноєм, стічними водами тощо.
Основна маса і сапрофітних, і патогенних мікроорганізмів міститься на глибині від 1 до 10 см. Кількість сапрофітів досягає сотень тисяч і мільйонів мікробів у 1 г ґрунту. Зі збільшенням глибини кількість мікробів різко зменшується. Навіть на глибині 25 см їх у 10—20 разів менше, ніж на глибині 2 см, а на глибині 4—7 м у разі непорушеної структури поверхневого шару ґрунт здебільшого майже стерильний. У верхньому шарі ґрунту мікроорганізмів також менше внаслідок бактерицидної дії сонячних променів.
У всіх випадках порушення структури поверхневого шару (тваринами, які риють ґрунт, вигребом, криницею, кар'єром тощо) можливе проникання мікроорганізмів у глибші шари підстильних порід і в підземні води.
Патогенні мікроорганізми, які не утворюють спор, не мають у ґрунті умов для розмноження і переважно гинуть у ньому через декілька днів або тижнів (табл. 17).
Одначе ще до своєї загибелі ці мікроорганізми можуть потрапити з ґрунту в поверхневі або підземні води, на поверхню овочів або ягід, на руки людей. їх поширюють також гризуни, мухи та інші комахи; гризуни при цьому можуть не тільки переносити інфекції, а й бути їхнім джерелом, оскільки вони самі уражені цими інфекціями. Зараження людей можливе і під час безпосереднього контакту з ґрунтом.
До мікробів, які утворюють спори і живуть у ґрунті роками, належать збудники ботулізму, правця, газової гангрени та сибірки. В. tetani, CI. botulinum і збудники газової гангрени потрапляють у ґрунт переважно з екскрементами людини і тварин. Зараження ґрунту CI. botulinum пов'язане з небезпекою інфікування спорами харчових продуктів і подальшим тяжким захворюванням людей.
До мікробів, які утворюють спори і живуть у ґрунті роками, належать збудники ботулізму, правця, газової гангрени та сибірки. В. tetani, CI. botulinum і збудники газової гангрени потрапляють у ґрунт переважно з екскрементами людини і тварин. Зараження ґрунту CI. botulinum пов'язане з небезпекою інфікування спорами харчових продуктів і подальшим тяжким захворюванням людей.
Захворювання на правець і газову гангрену виникає внаслідок вогнепальних поранень і травматичних ушкоджень у разі забруднення ран ґрунтом, який містить збудників цих захворювань. Тому обов'язково уводять протиправцеву сироватку всім особам, які мають рани, забруднені ґрунтом.
Палички сибірки можуть потрапляти в ґрунт з екскрементами тварин, хворих на сибірку, з їхніми трупами, зі стічними водами шкіропереробних заводів, а також з водою, в якій мили вовну. Спори бактерій сибірки живуть у ґрунті протягом десяти років. Худоба заражається через поїдання трави, забрудненої спорами. Спостерігалися випадки зараження людей, які ходили босоніж по зараженому ґрунті. Виявилося, що в них на шкірі ніг були подряпини, ранки тощо.