Поверхневі води стікають по природних нахилах до нижчих місць, утворюючи проточні і непроточні водойми: струмки, ріки, проточні і непроточні озера. Відкриті водойми живляться не тільки атмосферними, а й частково підземними водами.
Відкриті водойми забруднюються ззовні, тому, з епідеміологічної точки зору, всі вони більшою мірою потенційно небезпечні. Відкриті водойми можуть відігравати певну роль у поширенні інфекцій і гельмінтозів у разі використання води для пиття і харчових цілей (амебіаз, кишкові інфекції, дракункульоз, лептоспіроз тощо), а також під час купання (шистосомоз, лептоспіроз тощо), у разі споживання риби, ракоподібних, молюсків, водних рослин у сирому чи напівсирому вигляді (дифілоботріоз, клонорхоз, опісторхоз вівері, парагонімоз, ангіостронгілоїдоз, вірусний гепатит тощо).
Особливо забруднена вода в ділянках водоймища, що прилягає до населених пунктів, і в місцях спуску стічних вод промисловими підприємствами і тваринницькими господарствами.
У водоймах із застійною водою або з незначною течією спостерігається інтенсивне цвітіння води, тобто масовий розвиток планктону із зелених водоростей. Вода забарвлюється в зеленуватий або бурий колір і внаслідок масового відмирання водоростей набуває неприємного запаху і присмаку. Є дані про те, що під час цвітіння води в ній утворюються речовини, шкідливі для організму людини. Цвітіння водойм посилюється в разі змивання в них добрив із полів. Той чи інший, хоча б незначний, присмак або запах є у воді майже кожної відкритої водойми. Вони виникають унаслідок розпаду органічних речовин у воді і у відкладеннях на дні, а також унаслідок вимивання актиноміцетів і продуктів їхньої життєдіяльності з ґрунту.
Поверхневі води слабко мінералізовані, м'які, але в проточних озерах і водоймах концентрація солей у воді може бути значно збільшена внаслідок її випаровування. Для відкритих водойм характерна непостійність якості води, яка може змінюватися залежно від сезону року і навіть погоди, наприклад, після злив. Останні змивають у водойми шкідливі хімічні речовини (пестициди та інші агрохімікати, тверді відходи промисловості тощо) і збудників хвороб, особливо в тих місцевостях, де немає туалетів, які відповідають санітарним вимогам. Тому якість води після злив різко погіршується: каламутність зростає до 3—10 г/л, колі-індекс — до 1 млн, у воді виявляють значні концентрації пестицидів та інших токсичних речовин.