Гігієна праці в бавовництві спрямована на оздоровлення тяжких умов праці. Технологія вирощування бавовнику характеризується великою кількістю операцій. Трудові процеси у бавовництві включають передпосівний обробіток грунту (раннє весняне боронування, планування ділянок, рихлення ґрунту), нарізка до посіву (сортування і протравлювання його), посів, догляд за посівами (культивація, внесення добрив і полив, застосування пестицидів), збір бавовни-сирцю, збір коробочок, що не розкрилися (курака), а також стебел бавовнику.
Більшість трудових процесів у бавовництві механізовано, однак клімато-географічні особливості деяких бавовносіючих районів, нерівність рельєфу бавовникових карт, а також нестача техніки і механізаторів змушують багато операцій з культивування та догляду за бавовником проводити вручну. Так, вручну проводять розпушування ґрунту між окремими кущами, чеканку, яка потрібна для затримки росту куща і прискорення плодоношення, прополювання бавовнику і збирання бавовни. Поливальники бавовнику здійснюють вручну пуск води з вузлових каналів в основний канал бавовникової карти, підправку міжрядних борозд, контроль і регулювання швидкості витікання води, а також інші операції. Збирають бавовну-сирець також часто вручну. При цьому робітники однією або двома руками виймають бавовну з розкритих коробочок і, набравши жменю, скидають у фартух. Швидкі згинальні і розгинальні рухи пальців рук становлять 20—30 на 1 хв. Потім бавовнярі висипають бавовну в мішок, а мішок переносять або перевозять до місця приймання бавовни. Після збору бавовни починають очищення полів від стебел і орання поля. Зібрану бавовну-сирець сушать для транспортування на бавовнопереробні заводи.
На організм бавовнярів у процесі вирощування бавовника діє низка несприятливих чинників навколишнього середовища. Оскільки всі види робіт бавовнярі виконують на відкритому повітрі, вони можуть зазнавати дії не¬сприятливих метеорологічних чинників. Температура повітря під час догляду за посівами може досягати 45 °С і вище. Несприятливий вплив на бавовнярів справляють пестициди, гігієнічною особливістю застосування яких є одномоментне використання різних комбінацій препаратів на великих площах в умовах високих температур повітря та інтенсивної інсоляції. Це створює підвищену небезпеку інтоксикацій, а тому потребує особливої уваги стосовно дотримання санітарних норм і правил.
Бавовнярі працюють у зігнутому положенні з інтенсивним фізичним напруженням. Застосування бавовнозбиральних машин призводить до забруднення повітряного середовища пилом і відпрацьованими газами. Під час механізованого збирання бавовни на бавовнярів діє також шум, інтенсивність якого може досягати 100 дБ. У кабінах машин температура повітря підвищується на кілька градусів порівняно із зовнішнім повітрям.
Професійна патологія у бабовнярів найчастіше буває пов'язана із застосуванням пестицидів, які в умовах надлишкової сонячної радіації і високої температури утворюють токсичні сполуки. Механізатори частіше скаржаться на головний біль, слабкість і втому, що пов'язано з перегріванням організму. У них спостерігають підвищену температуру тіла, прискорення пульсу і порушення водно-сольового балансу.
Основним видом профілактики захворювань бавовнярів є профілактика отруєнь отрутохімікатами. Слід заборонити авіаобпилювання і обприскування бавовникових полів, розташованих неподалік від поселень, а хімічне оброблення слід проводити в нічний час. Треба визначити термін можливого безпечного виходу на роботу після оброблення ланів і суворо дотримувати його. Окрім того, треба також раціоналізувати способи застосування пестицидів.
З метою захисту від інсоляції та високої температури використовують спецодяг. Рекомендується носити шапку з крисами, бавовняну білизну і одяг світлих тонів.