Попри майже безперервне надходження різноманітних забруднень у відкриті водойми, у більшості з них прогресуючого погіршення якості води не спостерігається. Це завдяки тим багатогранним фізико-хімічним і біологічним процесам, які призводять до самоочищення водойм від завислих частинок, органічних речовин, мікроорганізмів та інших видів забруднень.
У разі надходження стічних вод у водойми вони перемішуються з водою і знижується концентрація забруднень. Потім завислі мінеральні та органічні, частинки, яйця гельмінтів і мікроорганізми частково осідають, вода освітлюється і стає прозорою.
Розчинені органічні речовини, що потрапили у воду, мінералізуються за рахунок життєдіяльності мікроорганізмів, які заселяють водойми, подібно до того, як це відбувається у ґрунті. Процеси біохімічного окислення закінчуються нітрифікацією з утворенням кінцевих продуктів — нітратів, карбонатів, сульфатів тощо. Для біохімічного окислення органічних речовин потрібно, щоб у воді був розчинений кисень, запаси якого в міру використання поновлюються за рахунок дифузії з атмосфери через водне дзеркало водойми. У чистих водоймах насичення води киснем перевищує 50%.
У процесі самоочищення відбувається відмирання сапрофітів і особливо патогенних мікроорганізмів. Вони гинуть унаслідок зменшення у воді поживних речовин, бактерицидної дії сонячного проміння, бактеріофагів та антибіотичних речовин, які виділяються грибами й іншими сапрофітами, а також від інших чинників.
Особливу увагу привертає доля у водоймах вірусів. Завдяки своїй високій стійкості ентеровіруси можуть поширюватися в річках на значну відстань від джерела забруднення. У прибережних районах моря ентеровіруси виявляються на відстані до 7 км від місця викиду побутових стічних вод. Важливо зазначити, що віруси, осідаючи, на тривалий час інфікують мул і молюсків. Зазвичай інфіковані молюски водяться у забруднених прибережних районах морів, їх широко використовує місцеве населення як харчовий продукт. Є дані, що навіть молюски, виловлені у водах, задовільних за колі-титром, ставали джерелом спалахів інфекційного гепатиту А.
Унаслідок самоочищення забруднена вода стає прозорою, неприємний запах зникає, органічні речовини мінералізуються, частина патогенних збудників гине і вода відновлює ті якості, які вона мала до забруднення. Швидкість самоочищення залежить від потужності водойм і ступеня їх забруднення.
Цінним показником ступеня забруднення води органічними речовинами та інтенсивності процесів самоочищення є біохімічна потреба кисню (БПК). БПК — це кількість кисню, потрібна для повного біохімічного окислення речовин, що містяться віл води, за температури 20 °С. Чим інтенсивніше забруднена вода, тим більша її БПК. Оскільки визначення БПК потребує тривалого часу (до 20 діб), у санітарній практиці часто обмежуються визначенням БПКу тобто біохімічної потреби кисню для 1 л води протягом 5 діб. Для природних вод БПК5 становить приблизно 70% повного БПК20. У чистих водоймах БПК5 менша за 2 мг, а у відносно чистих вона становить 2—4 мг 02 на 1 л (БПК20 —3—6 мг 02 на 1 л).
Здатність водойми самоочищуватися має межі. У разі сильного забруднення органічними речовинами виникає нестача розчиненого кисню і розвивається анаеробна мікрофлора. Унаслідок гнильних процесів вода і повітря над нею забруднюються смердючими газами і водойма перестає бути не тільки джерелом водопостачання, а й фізкультурним, оздоровчим і господарським об'єктом. Зниження вмісту кисню у воді до 1,5—2 мг/л призводить до мору риби, що досягає катастрофічного характеру в разі зниження до 1 мг/л. У невеликих і особливо непроточних водоймах здатність до самоочищення незначна. Нині самоочисні здатності навіть великих рік і озер США і Західної Європи недостатні для ліквідації забруднень, які вносяться погано очищеними стоками промислових підприємств і опадами, що змивають із полів пестициди та інші агрохімікати.
У разі потреби використовувати відкриту водойму для водопостачання слід: по-перше, віддати перевагу великим і проточним зарегульованим водоймам; по-друге, оберігати водойму від забруднення побутовими і промисловими стічними водами, а також пестицидами; по-третє, надійно знезаражувати воду. Часто, крім знезаражування, потрібно ще очищувати воду від завислих речовин і забарвлення, а в деяких випадках — і від токсичних домішок.
Водні ресурси країни є державною власністю і підлягають охороні від забруднення і виснаження. У нашій державі водне законодавство ґрунтується на Держстандарті 383—96 "Питна вода", що передбачає потребу першочергового задоволення питних і побутових потреб населення, і тому велике значення надається гігієнічним вимогам до стану даних водних об'єктів і якості води в них. Існують також "Правила охорони поверхневих вод від забруднення стічними водами".
Ці правила передбачають проведення заходів, що виключають потребу спуску стічних вод у водойми. Цього можна досягти шляхом раціоналізації технологічного процесу, повторного використання підприємством стічних вод після їхнього очищення (так званий зворотний цикл), шляхом скидання стічних вод на земельні угіддя для зрошення й удобрення.
Правила дозволяють випуск стічних вод у водойми лише в тому разі, коли цьому неможливо запобігти. Стічні води перед випуском у водойму, що використовується для водопостачання населення або харчових підприємств, мають бути очищені до такого ступеня, щоб після змішування та розведення водою водойми в найгірших умовах (літня межень) вони відповідали таким вимогам: 1) не погіршували значно органолептичні властивості води, а також зовнішній вигляд водойм; 2) не погіршували процеси самоочищення, що відбуваються у водоймі, та життя водної фауни й флори; 3) не вносили у водойму патогенних мікроорганізмів або шкідливих речовин у концентраціях, токсичних для населення, яке використовує воду для пиття.
Реалізація цих правил потребує наукового обґрунтування гранично припустимих концентрацій (ГПК) шкідливих речовин у воді. Гігієністи визначили такі концентрації для більш ніж 700 різноманітних хімічних речовин, які можуть забруднювати водойми. Методики наукових досліджень, що їх використовують для обґрунтування ГПК хімічних речовин, полягають у тому, що кожну речовину досліджують у трьох напрямках: санітарно-токсикологічному, органолептичному і загальносанітарному.
Під час санітарно-токсикологічної оцінки визначають ту максимальну концентрацію досліджуваної речовини у воді, яка в тривалому хронічному експерименті ще не спричиняє у досліджуваних тварин помітних зрушень у стані здоров'я, у разі використання чутливих фізіологічних, біохімічних, гістоморфологічних, ембріологічних, генетичних методик, а за потреби і використання показників онкологічних та інших методів. Органолептична оцінка — це визначення тієї найбільшої концентрації досліджуваної речовини, яка ще не спричиняє змін органолептичних властивостей води (запаху, смаку, забарвлення). Вивчення загальносанітарної дії досліджуваної речовини полягає у знаходженні тієї найбільшої її концентрації, котра ще не впливає на процеси самоочищення води, на водну флору і фауну.
Останнім часом відкриті водойми все частіше використовують як джерела водопостачання для водогонів. Це пояснюється розвитком і вдосконаленням техніки очищення і знезаражування води, а також тим, що величезні потреби водопостачання сучасних великих міст не можуть забезпечити підземні води.
З огляду на викладене про гігієнічну характеристику джерел водопостачання насамперед слід орієнтуватися на напірні, міжпластові (артезіанські) води. Якщо неможливо їх використати, вишукують інші в такому порядку: а) міжпластові безнапірні води, у тому числі джерельні; б) ґрунтові води; в) відкриті водойми.