У багатьох країнах охорона водойм від забруднень збудниками інфекційних захворювань ще лишається пріоритетною проблемою.
Однак у зв'язку з індустріалізацією, зростанням кількості промислових стоків, прогресуючою хімізацією сільського господарства (пестициди, азотні та інші добрива) швидко зростає актуальність захисту водойм і від хімічного забруднення.
Забруднюючи водойми, хімічні речовини можуть погіршувати органолептичні властивості води, надаючи їй неприємного присмаку, запаху або кольору. Вони можуть також згубно впливати на флору і фауну води, спричиняючи загибель риби і пригнічення життєдіяльності мікроорганізмів, які беруть участь у процесах самоочищення. За певних концентрацій токсичні речовини небезпечні для здоров'я людини. Вживання забрудненої ними води може призвести до гострої або хронічної інтоксикації.
Велику небезпеку становить спуск у водойми стічних вод, що містять радіоактивні речовини, особливо довгоіснуючі радіонукліди. Останні, як і стійкі токсичні речовини, можуть накопичуватися в тканинах водних організмів, що створює потенційну небезпеку вторинного забруднення води і підвищення концентрації радіоактивних речовин у тканинах риб і водоплавних птахів.
Негативно відбивається на якості води або процесах самоочищення водойми спуск стічних вод, що містять кислі або основні сполуки, забарвлені речовини, залишки нафти або продуктів її перероблення.
Слід зауважити, що розташовані у населеному пункті підприємства часто без очищення скидають стоки у міську каналізацію, через що погіршується хімічний склад господарсько-фекальних вод, насамперед за рахунок збільшення концентрації важких металів, арсену та інших токсичних речовин.
Із викладеного видно, що спуск неочищених стічних вод у водойми торкається інтересів водопостачання населення, промисловості, сільського господарства. Тому завдання санітарної охорони водойм мають загальнодержавне значення і для ефективного розв'язання потребують законодавчих актів.
Після проведення всіх перелічених досліджень ГПК тієї чи тієї речовини у воді встановлюють згідно з таким показником шкідливої дії, що характеризується найменшою порогового концентрацією. Пояснимо це на прикладі. Сполуки фтору спричинюють флюороз зубів при концентрації фтору у воді, яка не перевищує 1,5 мг/л. Органолептичні властивості води (смак) змінюються при концентрації фтору, яка перевищує 10 мг/л, а процеси самоочищення порушуються, якщо концентрація фтору у воді перевищує 100 мг/л. Це означає, що для фтору лімітувальним показником шкідливості є санітарно-токсикологічний, і ГПК фтору у воді не повинна перевищувати 1,5 мг/л.
Наведемо ГПК деяких хімічних речовин (у дужках — лімітувальний показник): кадмій — 0,01 (санітарно-токсикологічний), арсен — 0,05 (санітарно- токсикологічний), нікель — 0,1 (санітарно-токсикологічний), гексахлоран — 0,02 (органолептичний), мідь — 1,0 (органолептичний), цинк — 1,0 (загально- санітарний), трихлорацетат натрію — 5,0 (загальносанітарний), титан — 0,1 (загальносанітарний) і т. ін.